2005年簽署的臺德學術交流協定(Taiwanese-German Academic Links Agreement)保證了雙方對學位的認可,是台德學術合作發展中最重要的里程碑。因此,臺德大學合作的數量急劇增加:

依臺灣教育部(MoE)目前的統計,共有146所德國大學和62所臺灣大學簽訂了469項合作協定。自2006年以來,雙邊合作協定的數量增加了6倍。根據德國大學校長會議(HRK)的資料,在東亞地區還沒有其他的大學系統,在總人口數的比例上有如此高的學術合作強度。

臺灣大學(NTU)是臺灣最負盛名的大學,與德國大學建立了最多的合作項目,共計簽署86項合作協議,其次是國立政治大學(NCCU,39項)和國立臺灣師範大學(NTNU,32項)。 在臺灣中、南部,則是與國立中興大學、靜宜大學和台南國立成功大學等國家研究中心保持著密切聯繫。

台灣與德國合作最重要的十所大學
排名 台灣大學院校 合作項目數量
1 國立臺灣大學 (NTU) 86
2 國立政治大學 (NCCU) 39
3 國立臺灣師範大學 (NTNU) 32
4 國立中興大學 (NCHU) 27
5 國立交通大學 (NCTU) 26
6 靜宜大學 21
7 國立臺灣科技大學 (NTUST) 18
8 國立清華大學 (NTHU) 18
9 輔仁大學 16
10 國立成功大學 (NCKU) 15

德國的研究型大學是台灣的大學的重要合作夥伴。德國杜賓根大學與台灣的大學有21項合作項目,為最多數,其次是漢堡大學 (18項)和海德堡大學 (12項)。然而德國的應用科學大學也與台灣的大學簽署了許多研究計畫,例如威仕瑪應用科學大學和紐倫堡應用科學大學與台灣的大學院校簽署了8項的合作協議,科隆商學院則有7項合作。

德國與台灣合作最重要的十所大學
排名 德國大學院校 合作項目數量
1 杜賓根大學 21
2 漢堡大學 18
3 海德堡大學 12
5 柏林自由大學 11
5 亞琛工業大學 11
7 曼海姆大學 10
7 慕尼黑大學 10
10 波昂大學 9
10 慕尼黑工業大學 9
10 達姆施塔特工業大學 9

儘管絕大多數臺灣大學(107所)是私立學校,但德國大學與台灣學校的大部分合作計畫是與公立大學機構系所(50所) 簽立。 德國大學與臺灣的國立大學共簽訂了341份合作協定,與私立大學簽訂了128份合作協議。

其中323項協議主要內容是針對雙邊交換學生的合作,透過這種的模式,台灣和德國學生有機會可以更進一步認識彼此的夥伴學校機構,以及合作大學的課程。在此交換合作協議基礎上,台灣與德國大學之間的學生交流在近幾年越來越多。同樣在科學學術交流方面也是更加增長 (194項),還有158項交換教師的合作交流協議。參加短期課程或暑期課程(57項),或是短期學生研究訪問(54項) 也在協議合作中有規範約定。校際之間的合作有產學合作項目(54項) 與實習合作項目(2項)。